Avogadro

Setelah sebelumnya saya jelaskan tentang aplikasi qutemol, yang merupakan aplikasi visualisasi molekul, pada tulisan ini saya akan menjelaskan satu aplikasi kimia lain yang juga cukup menarik, yakni aplikasi Avogadro.

Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang bisa dikatakan  canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasi ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait.

Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
• Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
• Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
• Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini.

Pada artikel ini saya akan membuat bentuk struktur molekul glukosa dengan avogadro.Untuk memulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.

Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita klik Tool Setting, kemudian pada kolomElement kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.

Apabila atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan meng-klik atom tersebut.

Selanjutnya pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada gambar berikut :

Selanjutnya pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut :

Dan selesai. jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari atom karbon, oksigen dan hidrogen.

Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan masing-masing toolbar sebagai berikut :

fungsi ikon ini adalah untuk membuat molekul serta membuat ikatan diantara atom-atom pada ruang gambar

fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

fungsi ikon ini adalah untuk melihat sudut kemiringan molekul secara vertikal dan horisontal

fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain molekul pada gerakan yang bebas

fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi rotasi ke berbagai arah sesuai dengan garis arah mouse

fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat ke beberapa arah

Demikian penjelasan singkat mengenai tutorial software AVOGADRO dalam Sistem Operasi LINUX