TUTORIAL APLIKASI GDPC

Cara Aplikasi GDPC

 
gdpc adalah program untuk memvisualisasikan simulasi dinamika molekul, ini adalah program yang sangat fleksibel dan dapat dengan mudah digunakan untuk tujuan lain. gdpc membaca xyz masukan dan adat format dan dapat menulis gambar dari frame.
Changelog:

• 2.2.5: Kecil kode pembersihan
• Simbol usang diperbarui dalam GTK + 2.16.
• Diperbarui Makefile dan file spesifikasi, disumbangkan oleh Jussi Lehtola.
• 2.2.4: peningkatan fitur kecil
• Resize jendela utama juga mengubah ukuran viewport.
• 2.2.3.1: peningkatan fitur kecil
• Parameter yang benar untuk mendapatkan rotasi mulus dan diminimalkan penundaan antara frame.
• 2.2.3: peningkatan fitur kecil
• Meningkatkan interaktivitas selama animasi (itu harus benar sekarang, sekali dan untuk semua).
• Ditambahkan sekali dan parameter commandline memutar (disumbangkan oleh Santeri Paavolainen).
• Kebocoran memori dan misc lainnya. bug tetap (termasuk kontribusi oleh Santeri Paavolainen).
• 2.2.2: peningkatan fitur kecil
• Meningkatkan interaktivitas selama animasi.
• 2.2.1: Bug perbaikan
• Membuat rotasi berperilaku baik. Hal ini telah rusak sejak pertama kali diperkenalkan.
• Hapus beberapa printfs debuging kelebihan.
• Memperbaiki kecil dari Makefile untuk meningkatkan generasi rpm.
• 2.2.0: Porting ke gtk + 2.2
• G3data porting ke gtk + 2.2.
• Semua fungsi usang dihapus.
• Ditambahkan kemungkinan untuk menekan tombol ruang untuk 'bsleep' pilihan.
• 2.1.2: Ditambahkan fungsi
• Ditambahkan 'bsleep' parameter yang memungkinkan pengguna untuk mengubah frame dengan menekan mousebutton tengah.
• Dihapus editability dari entri teks.
• 2.1.1: Sentuhan akhir pada port untuk gtk + 2.0
• Semua fungsi usang yang tersisa dari gtk + 1.x telah diganti dengan fungsi baru gtk + 2.0.
• Gtk resmi + 2.0 rilis stabil.
• 2.00 Mayor rilis stabil: perbaikan bug minor
• Tetap beberapa bug minor berputar
• 2.00pre2 (pembangunan): Perbaikan bug
• Tetap semaphore inisialisasi bug. Thread bisa meninggalkan menunggu semaphore yang tidak pernah berubah.
• Tetap potensi buffer overflow bug serius dan beberapa.
• Tetap beberapa bug minor.

Download:
Terbaru gtk + 2.16 compliant versi:

• gdpc 2.2.5 Sumber (2448 KB)
• gdpc 2.2.5 x86_64 RPM dibangun di Fedora 11 (2429 KB)
• gdpc 2.2.5 Sumber RPM (2353 KB)

Masalah yang diketahui:

• Tak satupun

Screenshot:

Jendela Setup untuk gdpc, jendela ini secara otomatis muncul jika tidak ada parameter commandline dilewatkan ke program.

Aksi. Inilah yang gdpc tampak seperti ketika menghidupkan simulasi dinamika molekul. Animasi khusus ini adalah bagian cair dari Silicon setelah satu atom Si diberi energi kinetik dari 1 keV. Terimakasih, semoga bermanfaat :-)

Read More

Cara Membuat Bentuk Molekul dengan Hyperchem

Hyperchem adalah salah satu aplikasi kimia komputasi yang relatif mudah untuk digunakan karena sifatnya yang langsung bisa menunjukkan tampilan dari apa yang hendak kita buat. Meskipun demikian ini hanyalah sekelumit tentang kemampuan Hyperchem yang bisa dimanfaatkan dalam pembuatan media belajar yang sederhana namun secara komputasi kimia dibenarkan. Tentu saja kalau semua kita lakukan dengan benar, tidak asal gambar, seperti sebelum menggunakan software layaknya Hyperchem ini.

Saya akan praktikkan menggambar molekul PCl5 menggunakan Software Hyperchem 8.

1. Dengan menggunakan Windows, kita mulai dari klik Start, All Program, Hyperchem Release x, Hyperchem.
2. Selanjutnya ikuti langkah pada gambar berikut
3. Ini hasilnya setelah dipilih Atom P dan di-klik-kan pada area kerja
4. Berikutnya add hidrogen dari menu Build kemudian klik Add hidrogen untuk memunculkan atom H, meskipun atom H tampilannya bertumpuk kita bisa memutar dengan klik tool rotate out of plane sesuai langkah yang terterah pada gambar. Cara menyeleksi atom H yang akan diganti dengan Cl adalah dengan klik tool select hingga berubah warna
5. Selanjutnya ubah atom H dengan atom Cl hingga atom H menjadi Cl, caranya klik menu Build, Default Element (akan muncul semacam tabel periodik dan pilih Cl), klik-kan tepat di tengah bulatan seleksi atom H tadi, kalau sudah berubah menjadi Cl artinya sudah terganti H menjadi Cl. Lakukan pada semua 
6. Lakukan optimasi geometri agar bentuk molekulnya menjadi benar secara kimia komputasi dengan standar hitungan dengan menggunakan salah satu metode, misalnya di sini saya gunakan metode Molecular Mechanic. Klik menu Setup pada menu bar. Klik Molecular Mechanic hingga tercentang terus klik Ok
7. Selanjutnya kita lakukan optimasi geomteri terhadap bentuk molekul yang kita buat. Klik menu Compute, KlikGeometry Optimation… dan klik Ok saja begitu menu pop-up muncul. Selanjutnya tunggu hingga proses optimasi selesai yang ditandai dengan Converged = YES. (ini ada pada bagian status bar, terletak dibagian bawah layar kerja Hyperchem
8. Berikut kalau kita ingin menampilkan hasil dalam berbagai model, seperti yang ditawarkan pada menuDisplay, Rendering, pilih metode rendering yang kita inginkan
9. Berikut tampilan beberapa hasil rendering:
   
   
   
   
   Demikian cara menggambar bentuk molekul dengan menggunakan Hyperchem 8 semoga dapat bermanfaat :)

Read More

Avogadro

Setelah sebelumnya saya jelaskan tentang aplikasi qutemol, yang merupakan aplikasi visualisasi molekul, pada tulisan ini saya akan menjelaskan satu aplikasi kimia lain yang juga cukup menarik, yakni aplikasi Avogadro.

Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang bisa dikatakan  canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasi ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait.

Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
• Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
• Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
• Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini.

Pada artikel ini saya akan membuat bentuk struktur molekul glukosa dengan avogadro.Untuk memulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.

Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita klik Tool Setting, kemudian pada kolomElement kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.

Apabila atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan meng-klik atom tersebut.

Selanjutnya pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada gambar berikut :

Selanjutnya pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut :

Dan selesai. jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari atom karbon, oksigen dan hidrogen.

Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan masing-masing toolbar sebagai berikut :

fungsi ikon ini adalah untuk membuat molekul serta membuat ikatan diantara atom-atom pada ruang gambar

fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

fungsi ikon ini adalah untuk melihat sudut kemiringan molekul secara vertikal dan horisontal

fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain molekul pada gerakan yang bebas

fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi rotasi ke berbagai arah sesuai dengan garis arah mouse

fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat ke beberapa arah

Demikian penjelasan singkat mengenai tutorial software AVOGADRO dalam Sistem Operasi LINUX 

Read More

Tutorial Ispring

Ispring

Mengubah File Powerpoint ke Flash Movie (SWF)

ISpring Presenter merupakan salah satu tool yang mengubah file presentasi yang kompatibel dengan Power Point untuk menjadikan bentuk flash. Perangkat lunak Ispring tersedia dalam versi free (gratis) dan pro (berbayar).

Ispring Presenter secara mudah dapat diintegrasikan dalam Microsoft Power Point sehingga Anda tidak membutuhkan keahlian khusus. Beberapa fitur Ispring Presenter adalah:

1. iSpring Presenter bekerja sebagai add-ins PowerPoint, untuk menjadikan file PowerPoint lebih menarik dan interaktif berbasis Flash dan dapat dibuka di hampir setiap komputer atau platform. 
2. Dikembangkan untuk mendukung e-learning. iSpring Presenter dapat menyisipkan berbagai bentuk media, sehingga media pembelajaran yang dihasilkan akan lebih menarik, diantaranya adalah dapat merekam dan sinkronisasi video presenter, menambahkan Flash dan video YouTube, mengimpor atau merekam audio, menambahkan informasi pembuat presentasi dan logo perusahaan, serta membuat navigasi dan desain yang unik (pro).
3. Mudah didistribusikan dalam format flash, yang dapat digunakan dimanapun dan dioptimalkan untuk web.
4. Membuat kuis dengan berbagai jenis pertanyaan/soal yaitu: True/False, Multiple Choice, Multiple response, Type In, Matching, Sequence, numeric, Fill in the Blank, Multiple Choice Text (pro).

Contoh menu Ispring Free

Menggunaan iSpring dalam aplikasi Power Point:

1.      Anda harus menginstall program iSppring, aplikasi ini dapat di download secara gratis dengan kisaran file 24 Mb di http://www.ispringfree.com/download.html.

2.      Buka file presentasi Anda yang telah dibuat di Power Point, jika animasi Anda ingin dijalankan dengan automatis (tanpa menggunakan klik atau enter) maka sebaiknya pada efek animasinya (start) tidak menggunakan on click tetapi lebih disarankan memakai efek animasi-start : after previous, sehingga presentasi dapat berjalan sendiri tanda di enter atau di klik.

3.      Pastikan bahwa slide animasi yang akan diubah sudah final sesuai keinginan Anda dengan cara jalankan (slide show atau tekan F5).

4.      Jika Anda menggunakan versi 2010, maka pilih iSpring (pada addres bar) lalu klik Publish, maka muncul kotak dialog

• Presentation title = silahkan ganti nama file yang Anda inginkan)
• Slide range = klik All slides untuk di Publish
• Options = jangan beri tanda cecklist.

5.      Lalu klik Publish dan tunggu beberapa saat, maka file Anda sudah jadi Flash dan secara otomatis akan dimainkan di Movie Flash,

6.      Langkah-langkah di atas adalah bagaimana kita mengubah animasi dalam bentuk PowerPoint lalu diubah menjadi Flash Movie (SWF), pada langkah berikut ini, kita akan menampilkan file atau animasi yang telah diubah menjadi Flash Movie (SWF) dari halaman slide PowerPoint.

Read More

Tutorial Aplikasi Gnome Crystal

Cara Menggunakan Aplikasi Gnome Crystal

Apa itu Gnome Crystal? Aplikasi Gnome Crystal adalah aplikasi membuat sturktur atom dengan 3D.

Inilah tampilan awal Gnome

Pertama-tama klik Crystall lalu pilih Bonds and Lines, di situ ada beberapa pilihan antara lain Cell edges radius, Diagonals radius dan Medians radius semuanya dalam bentuk pm

Cell edges radius = jika kita centang dan mengetik angka, maka akan di hasilkan kerangka 3D

Diagonals radius = jika kita mencentang juga dan mengetik angka, maka akan dihasilkan kerangka dalam bersilang.

Medians radius = jika kita mencentang dan mengetik angka, maka akan dihasilkan kerangka lurus dalam.

Perhatikan gambar berikut.

Langkahnya, klik Cell edges radius dan ketik angka 7

lanjut…..ke gambar ke-2

kalau gambar di atas, pilih dan klik Cell edges radius dan ketik angka 4

the last….gambar ke-3

kalau yang ini pilih dan klik Cell edges radius dan ketik angka 1

Diagonals radius klik dan pilih angka 1

Medians radius klik dan pilih angka 1 juga.

Read More